A Secretaria Municipal de Saúde, dirigida por Secretário Municipal tem a seguinte estrutura organizacional:

I – Coordenadoria de Vigilância em Saúde;
a) Setor de Vigilância Epidemiológica;
b) Setor de Vigilância Sanitária, ambiental e saúde do Trabalhador;
c) Setor de Farmácia Básica;

II – Coordenadoria de Atenção Básica e Estratégia de Saúde da Família;

II – Diretoria das Unidades Básicas de Saúde;
a) Setor de acompanhamento do Programa Martins Viva e Saudável;
b) Setor de Agentes Comunitário de Saúde;

III – Coordenadoria de Atenção Especializada;
a) Setor de laboratório;
b) Setor de Fisioterapia;

IV – Coordenadoria de Regulação, Avaliação e Controle de Sistemas;
a) Setor de controle de sistema de atenção básica;
b) Setor de controle de sistema de vigilância em saúde;
c) Setor de controle de atenção especializada;

V – Coordenadoria Geral da Unidade mista de Saúde de Martins;